Компания своевременно и в полном объеме выполнила обязательства по оплате налоговых платежей.
ОАО «АЭК «Комиэнерго» в 2006 году перечислило в бюджеты всех уровней и внебюджетные фонды более 646 млн. рублей.
В федеральный бюджет было перечислено 305,9 млн. руб., в республиканский — 147,9 млн. руб., в местные бюджеты — более 31 млн. руб. Около 161,2 млн. рублей перечислено во внебюджетные фонды, такие как фонд обязательного медицинского страхования, пенсионный фонд и фонд социального страхования.